遺伝統計学的分析法には種々の方法がある。それぞれには特徴があり，対象とする集団，遺伝的危険度の程度，それによって得られた結果が染色体上の広い範囲で陽性になるかどうか，などに大きな違いがある。また，相関分析などには構造化問題という大きな問題があり，それを解消するために色々な工夫(TDT，家系内相関解析など)がなされている。