一般に、連鎖解析の種々のソフトウエアのリストはHome Page (http://linkage.rockefeller.edu/soft/)にあり、ここを参照すればほとんどのソフトウェアにアクセス可能である。

Unixで動くプログラム

プログラムのダウンロード
    まず、ソフトウェアを他のコンピュータから自分のコンピュータにダウンロードする必要がある。Unixの環境にソフトウェアをダウンロードするには二つの方法がある。昔ながらのコマンドラインからftpを用いる方法と、Netscape communicatorなどのブラウザーからダウンロードする方法である。

   昔ながらの方法では(といっても100年の歴史は無い)、まず、Unix (Solaris, Linuxなど）の環境からftp ftpサイトの名前、とタイプすると、anonymous ftpが許可される。名前を聞いてくる所でanonymousとタイプし、passwordで自分のe-mail addressを入れる。コマンドが使えるようになるのでlsとタイプすると、現在のdirectoryの下のファイルやdirectoryが表示される。例えば、distributionなどのdirectoryを見付けたら、cd distributionとタイプすると、distributionのdirectoryに入る。

   例えば、Mapmaker/sibsのソフトウェアが欲しい場合、 lsとタイプするとsibs-2.1.tar.Zというfileがあるのでそれを取ってくる。binaryタイプのファイルなのでなのでbinとタイプし、get sibs-2.1.tar.Zとタイプするとこのfileを取ってくることができる。

    ftp>のプロンプトにもどったらquitとタイプし、remote systemを抜ける。自分のdirectoryにsibs-2.1.tar.Zのファイルが来ている。

    ブラウザーを用いたファイルのダウンロードは、ブラウザーの指示に従えば容易であり、説明の必要が無いと思う。

プログラムの解凍
    ファイルのダウンロードが終ったら、必要ならば解凍する。通常、解凍すると大変な数のファイルが作成されることがあり、大混乱に陥ることがあるので、まず、mkdir sibsとタイプし新しいdirectoryを作る。次にmv sibs-2.1.tar.Z sibs、cd sibsとして、.....
 

uncompress sibs-2.1.tar.Z、tar xvpf sibs-2.1.tarと解凍する。